La próxima versión de MuseScore permitirá exportar las partituras a distintos formatos de audio.
En el menú:

File > Save as...

accederemos al cuadro de diálogo de Guardar como....

donde podremos seleccionar tanto el formato de audio deseado (wav, ogg, flag) como el lugar donde guardar el archivo resultante.
El programa utilizará el archivo soundfont que tengamos configurado para realizar la conversión, por lo que la calidad del resultado final será similar a lo que escuchamos cuando reproducimos la partitura.

Podemos probar todo esto en la versión en desarrollo (prerelease) de la versión 0.95 que, además de ser ya bastante estable, solventa el problema que tenía MuseScore con la función Guardar como... en las últimas versiones de Ubuntu.

En el siguiente enlace tienes instrucciones detalladas de cómo instalar la versión en desarrollo en Ubuntu/Guadalinex.