Al introducir los cambios de compás musescore añade por defecto al final del sistema anterior un aviso de dicho cambio.
Para eliminarlos vamos al menú:

Style > Edit Style...

Y en el apartado Página desmarcamos la casilla que está junto al texto "Crear Notificaciones de Medidas de Compases de cortesía".

En esta misma ventana, en el apartado números, desmarcamos la casilla que está junto a Números de Compás para que no se muestren.